《生化危机6终章》影片开始讲述从生化危机1-5所发生的导致全球毁灭的过程，通过爱丽丝的自诉表现出来。爱丽丝拖着疲惫的身体走在满目疮痍的废墟中，这时，一只变异的大鸟飞来，爱丽丝驱车逃离，大鸟紧追不放，最后爱丽丝用车撞上大鸟并引爆炸弹把它炸死。
爱丽丝来到一个房间，里面空无一人，这时红后出现，并说目前地球上还有四千四百七十二名幸存者，四十八小时内，他们将被全部消灭，希望爱丽丝去阻止他，保护伞公司已研制出可通过空气传播的抗病毒素，这种药可消灭T病毒和所有病毒感染者，可以总结这一切，它在浣熊市的地下蜂巢基地，但必须在四十八小时内赶到。
于是，爱丽丝驱车前往，在路上路钉扎坏了轮胎，爱丽丝下车看四周没有人，就放松了警惕。在立交桥踩中机关被吊了起来，凭着过硬的身手，把几个士兵收拾掉，看到摩托车就骑了上去，却直接被电晕，等醒来却看到自己被绑了起来。这时进来一个人。却是艾萨克博士，艾萨克博士把爱丽丝绑在车上，让她跟着车跑。后面是不计其数的丧失。
爱丽丝凭借着顽强的毅力爬到了车上，并与艾萨克博士打了起来，把艾萨克博士的手砍掉一个用来激活摩托车。骑上后就开足马力向蜂巢飞奔而去，在蜂巢的地面上被拦截。一看原来是克莱尔和道克一伙人，爱丽丝告诉克莱尔和道克，艾萨克正带着活死人大军过来，马上就要到了，于是大家做好了战斗的准备。艾萨克的两个装甲车赶到后面跟着不计其数的丧尸，艾萨克放出一个活人当诱饵，引丧尸在前面跑。并发射火箭炮把大门炸开，爱丽丝等人撤到楼顶，并把成桶的汽油管家点燃。瞬间火光冲天，爱丽丝趁机拽飞索而下，并把汽油倒在了装甲车上。点燃摧毁了两个装甲车。艾萨克博士则趁乱逃走，并上了后面的装甲车。
一行人迅速地赶往蜂巢。威斯克看到有人入侵，启动了防御系统，并要求自己指挥。并放出地狱犬。等几人进到蜂巢里只剩下了六个人，这时红后出现，并告诉爱丽丝为什么背叛保护伞公司，几个人来到了通道，却突然掉了下去，碰到怪物的偷袭。爱丽丝把怪物打死后，走过激光通道，看到有两个包里面都是炸药和枪支。几人拿好武器之后，乘电梯继续往下走。
威斯克一看事不好，把艾萨克博士的本体召唤了出来。听到威斯克说有麻烦时，就明白了伞公司的内奸就是红后。爱丽丝和道克进来看到艾萨克博士坐在那里，知道这就是艾萨克的主体。为了不让艾萨克毁掉抗病毒素，只得交出引爆器。艾萨克博士告诉爱丽丝说她不是本体，
爱丽丝不相信。这时艾丽西亚坐着轮椅出来。艾萨克博士说这才是你的本体，艾丽西亚看到爱丽丝，就鼓励他杀掉艾萨克博士。这是红后也出来证实爱丽丝复制品。艾丽西亚是持有百分之五十股份的最大的股东，看到威斯克不听话，直接就解雇了威斯克，这样红后就能直接杀了他。
而道克一看事情不好扣动扳机却发现没有子弹。原来爱丽丝早就知道内奸就是他。于是就让克莱尔处理掉了道尔。这时艾萨克博士不见了，爱丽丝和克莱尔去找艾萨克博士，两人又在激光通道里大战了起来。对战中爱丽丝拉响了艾萨克腰间的手雷，把艾萨克炸伤。
爱丽丝拿着抗病毒素来到地面上，看到前面无数的丧尸，爱丽丝扔掉抗病毒素却被艾萨克博士赶到接住。原来他只是受伤。这时，复制品的艾萨克博士带着活死人大军赶到，看到本体不相信自己是复制品，突然下手捅死了真的艾萨克博士，而这时丧尸大军却把复制的艾萨克博士撕了个粉碎。爱丽丝把抗病毒药摔碎，药粉随风飘去，所到之处丧尸纷纷倒地，而爱丽丝也晕了过去。
等醒来时，看到克莱尔和红后在身边，红后告诉他，艾丽西亚对她没有失望，并且把她的记忆下载下来送给了爱丽丝来弥补爱丽丝缺失的童年，抗病毒素靠风力传播，也许几年才能到达全球每个角落，所以爱丽丝骑上摩托车又踏上了新的征程。
至此生化危机1-6系列全剧终结。
