刺客信条，其实是个科幻故事，主角其实不是刺客大师阿泰尔，而是一个叫做戴斯蒙德的酒吧服务生。
某天，戴斯蒙德在酒吧工作的时候，被神秘组织绑架到一所研究机构，他们想用Animus从戴斯蒙德身上得到一个叫伊甸碎片的重要信息，Animus是一种记忆读取装置，它能分析使用者的基因结构来读取信息。
而我们的服务生男主戴斯蒙德竟然是刺客大师阿泰尔的后代。这神秘组织就想利用Animus去重现当时阿泰尔的视角，以获取他们想要的情报。如果主角不顺从，性命可就不保了。戴斯蒙德无奈，只能乖乖屈服。
进入Animus，此时阿泰尔与同伴马利克已经马利克的弟弟在所罗门圣殿中完成导师阿尔莫林指示的重要任务，寻找第一文明留下的伊甸碎片——金苹果。
阿泰尔是一名刺客技术非常优秀的刺客大师，但他也极度傲慢和自负。不仅在任务途中杀掉了无辜的路人，还不听同伴马利克的警告，强行与驻守在此的圣殿骑士罗伯特正面交锋。阿尔泰直接被吊打，人都给扔出去了。阿泰尔只能不顾队友灰溜溜的撤回刺客总部，向导师阿尔莫林报告这次任务的失利。
该找到的金苹果没找到，另外两名同行的刺客兄弟也生死未卜。话音刚落，被阿尔泰卖掉的伙伴之一马利克就回来了，他愤怒的呵斥着阿泰尔的鲁莽和傲慢。虽然金苹果拿到了，但不仅自己受了重伤，弟弟也没能逃脱出圣殿骑士的魔爪。
阿尔莫林听后十分生气，正想着怎么惩罚阿尔泰呢，突然传出消息，罗伯特带着圣殿骑士大军来围剿刺客总部了。目的就是刚才任务里被阿泰尔一行人取得的伊甸碎片——金苹果。
情况紧急，阿尔莫林也没时间处置阿尔泰了。先解决入侵者，再谈后事。随后，阿尔泰掏出长剑劈断支撑木头的支架，击退圣殿骑士。击退圣殿骑士后，阿尔莫林也没找阿尔泰算起了账。
虽然你作战有功，但是不足以弥补违反刺客守则的过错，本应处死你，为马利克的弟弟偿命，但这就浪费了我这么长时间对你的栽培。这样，我给你个救赎自己的机会，我手上有份名单，名单上有九个名字，九个必须死的人。他们是瘟疫的携带者，是战争的制造者，找到，并杀死他们。这样，你不仅散播了和平的种子，你也能恢复名誉，无论是为了这片土地，还是为了你自己。
阿泰尔也不多说什么，虽然地位被剥夺，但本身实力还属兄弟会顶尖，轻轻松松就混入城内。将名单上的圣殿骑士陆续解决。
阿泰尔划掉名单上最后一个人名后，会组织向导师阿尔莫林报道。阿尔莫林缓缓转过身，告诉阿泰尔。
现在，我们离胜利只差一步，那就是杀掉罗伯特，杀了他，就能结束这一切。
阿泰尔在经历了与圣殿骑士的长时间交锋后，对自己的行为产生了疑问，为什么罗伯特对伊甸碎片有着如此强烈的欲望，为什么一块普通的宝物会引发如此的腥风血雨，他问阿尔莫林，能否说服罗伯特让他停止对伊甸碎片的疯狂追求。阿尔莫林否定道：
罗伯特已经沉溺于伊甸碎片，我尝试和他交流很多次，他选择无视我，所以现在，你只需要做一件事，就是找到罗伯特并杀掉他。
阿泰尔随后赶往城内，在一场圣殿骑士的葬礼上找到了罗伯特，现场重兵把守，但阿泰尔依旧以鬼魅的身法绕其身后，正当阿泰尔准备把冰冷的袖剑送进他的心脏时，却发现盔甲下的人竟然是一个女人，罗伯特早已知道阿泰尔要前来刺杀他，这个女人只是拖延时间的诱饵，而罗伯特本人已经赶往那个时代最强的军队,——十字军的大本营，他准备游说军队领袖，狮心王理查，对刺客总部发起总攻，刺客组织的命运已宛如风中残烛。阿泰尔赶忙前往十字军大本营，遭到了守备军的围追堵截，而化身狂战士的阿泰尔，掏出阿泰尔之剑，直接杀到狮心王面前，并向狮心王理查诉说了罗伯特是圣殿骑士并且准备背叛。
此时罗伯特也从队伍里走出，摘下头盔并且告诉理查，阿尔泰所说的皆是谎言。这种情况下理查也不知道谁是真假，就叫两人进行决斗，谁活着就说明他是上帝选择的人，虽然阿泰尔在所罗门圣殿中败给罗伯特，但今非昔比了，罗伯特一行人妄图以多击少，却被阿泰尔万军丛中取其首级，袖剑一刺，送罗伯特当场归西。
罗伯特死前告诉阿泰尔
你从小到大信赖的导师阿尔莫林才是最想占有伊甸碎片的人，他给你的名单，让你杀害我们这些圣殿骑士，为的就是再也没人能和他抢夺伊甸碎片，你从未怀疑为什么他会知道我们如此多的情报吗？你的导师阿尔莫林，也是发现伊甸碎片的圣殿骑士之一
这番话让阿泰尔五雷轰顶，阿泰尔回到刺客领地，准备向阿尔莫林正面对峙，没想到刚进后院就被其用金苹果控制住了身体。金苹果具有控制人思维的力量，但不知为什么，对阿泰尔的效果几乎微乎其微，看着导师已经沉溺于金苹果，阿泰尔挣脱出金苹果的束缚并给予其解脱。
伊甸碎片已经引发太多的战争与混乱，如果不摧毁，可能还会有更多的人来争夺，正当阿泰尔准备摧毁金苹果时，金苹果突然放出一段全息影像。上面竟然标志出了所有伊甸碎片的位置，他们散播在世界各地 ，这个时代的人无法理解这高科技画面所想表达的是什么意思，但对外面用Animus观察的神秘组织来说，这已经足够了。
他们马上派人去寻找地图上标出来的其他伊甸碎片，并且让人杀死男主，对他们来说，戴斯蒙德已经没用了。但旁边的女研究员Lucy出来劝阻了他们，她认为未来寻找其他伊甸碎片一定不会他们顺利，不如留着他，以确保出现什么意外。
戴斯蒙德劫后余生，松了口气，在回房间的路上突然发现自己可以看到一些别人看不到的奇怪符号，而自己为什么能看到，还有这些符号到底是什么意思，就不得而知了，至此阿尔泰的故事告一段落，而男主戴斯蒙德的故事却还刚刚开始。
